用户 漫控村 的回答
你好，谢邀。
青山刚昌这种吊胃口的方式我都觉得过分了，真地…
截至目前为止，不要说我们不知道黑衣组织BOSS的任何信息，就连人家组织内部二把手的“绰号”都不知道！为了一个二把手的假绰号，居然都能演一个两个多小时的剧场版，确实有够过分地。
已经不止一次以黑衣组织的情报作为终极的宣传手段了…但是到最后都是一场空。上次柯南准备长期休刊，就是以准备公布“黑衣组织BOSS”为前提进行宣传地，最后传出来的都是谣言。。
关于黑衣组织的BOSS ，网上有太多的猜测了…已经不知道有多少角色中枪了，什么目暮警官、大木博士。
不过这些猜测都已经是过去式了，现在叫的最响的就是乌丸莲耶，都在猜测最终的BOSS是乌丸家族的后代，是为了复活这个人而建立了庞大的黑衣组织，目的就是找到复活死人的“特殊能力”
不过我觉得有点扯…毕竟最开始的时候，黑衣组织不过就是犯罪组织，研究的药物也就是普通的毒药，用来杀人灭口不留痕迹地，现在改了！成了研究长生不老药丹的神秘跨国组织了？
内容跳跃之大，弄的我都有点糊涂了
套路太多，我都有点慌了，还不如就直接让琴酒当老大就算了。
好了，感谢大家的阅读，记得文末点赞关注。
用户 ACGN 的回答
首先我想说肯定不是阿笠博士…很久之前是有这个传闻，但是73在访谈中亲口否认了。
请看下面的漫画，这是73在某次访谈中的内容，大意是：编辑问道：“黑衣组织的幕后BOSS是谁呢？”青山噘嘴：“我为什么一定要告诉你啊。”编辑追问：“反正就是阿笠博士吧！”青山哼道：“不是！”
其实我个人反倒是认为是琴酒…嗯，那个“琴酒尽力了”“一窝全是反”的琴酒…具体理由的话，因为就他一个不是卧底啊（笑）
很早之前也是写过一篇《面对敌方阵容和我方阵容，琴酒表示：老子不想玩了》，再贴出来大家一乐：
要说《名侦探柯南》里最兢兢业业的反派，我觉得应该是非琴酒莫属了，那张身边全是卧底、废物、叛徒以及死队友的恶搞图相信大家已经看过不止一次了，“琴酒尽力了”“一窝全是反”一类调侃的话语也是经常被粉丝们挂在嘴边，说他是《名侦探柯南》里最憋屈的反派，估计大家都没有什么异议吧？
现在《名侦探柯南》的漫画还依然在连载，动画也已经进行到了九百多集，不知道有多少朋友还记得琴酒在第一话就登场了。他是给新一灌下变小药（APTX4869）的人，本想以此杀死他，却不想新一因为药物的原因化身成了江户川柯南，开始了死神小学生的传奇霸业，大概其悲剧的反派生涯从一开始就注定了。
此处药管可打马赛克（污）
作为组织中的“安全保卫者”，琴酒平时主要干的就是些杀人灭口，消灭有可能威胁组织安全的人，新一啊、宫野姐妹啊、警察厅的诸位啊、还有上一部剧场版《纯黑的噩梦》里的莱伊、波本balabala一堆人都和他有过精彩的对手戏，要干这么些事，单枪匹马总是不行的，所以琴酒身边帮忙的小弟不少，不过你也看到了，就像之前那张图所显示的，不是卧底、叛徒，就是猪队友了…
图片源于主宰者宅腐社
图片源于主宰者宅腐社
世界各国都派的有本国精英们潜入黑衣组织，目前光是漫画、动画、剧场版里明确表明卧底身份的就有基尔、秀一、波本等等一堆人，这还不算，诸如发明了神秘药的大科学家雪莉（灰原哀）、失去记忆的朱奈瑞克等人，一个个都已经叛逃出了黑衣组织，更别提苦艾酒，也就是贝尔摩得大姐姐这种若即若离，不知道到底是反还是忠的角色了，当然还有已经死掉了的各种忠心成员一大堆…黑衣组织倒是经常有人死掉，再反观他们的对手呢？活了九百多集都还在读小学的小学生、脖子被扎了九百多集的针的沉睡侦探，以及，活了九百多集都没死掉的警察们….
图片源于主宰者宅腐社 现在是九百多集了
图片源于主宰者宅腐社
图片源于主宰者宅腐社
图片源于主宰者宅腐社
所以要说《名侦探柯南》里最憋屈的反派，我觉得除了琴酒也没谁了。你看这：敌方队友、我方队友的实力对比图…教练，我要20投！
用户 kogama 的回答
《名侦探柯南》从连载到现在也已经二十多年了（对于90后的我也是看着这部动漫长大的），除了万年小学生（死神）柯南破解各种神奇的案件，还有一个为人津津乐道的，就是其中的反派组织——黑衣组织，具体是什么组织，什么名字，都是个迷。在动漫中一般以一袭“黑衣”出现，至于这个组织是做什么，不详。关于黑衣组织boss的身份也一直是个谜，不少动漫爱好者揣测黑衣组织的老大就是阿笠博士（这个我从小就认为是他）、毛利小五郎（这就有点扯了）等。
那么黑衣组织的首领是谁呢？黑衣组织的boss就是乌丸莲耶，乌丸莲耶出现的比较早，在tv219集中有出现过，在动漫里乌丸莲耶是黄昏别馆的主人，但是半个世纪前却“离奇死亡”，不过，作者也是贼的很，自始至终都没有让他露过脸，但是在漫画的1008话中，柯南的父亲工藤优作通过推理，推理出黑衣组织的首领就是乌丸莲耶（ 工藤优作表示已故的羽田浩司在生前留下的信息ASACA和RUM并非是两个人，而组合在一起其实就是乌丸莲耶）
不妨来分析看看。
首先，乌丸莲耶死于半个世纪前，而组织成立的时间推测在1946年（在柯南漫画的2130话中，小哀曾和柯南说过，说柯南面对的这个犯罪组织已经建立了半个世纪了。半个世纪就是50年，从1996年来推算，50年前大约就是1946年左右）
然后，乌丸莲耶的家徽是乌鸦，乌鸦是黑色，黑衣组织也是黑色，并且BOSS的邮件地址按键音是《七个孩子》（又叫《七只乌鸦》）馆中的窗户、地板、把手、餐具、西洋棋的棋子等，全都是加上乌鸦纹章的特製品。
再者，黄昏之馆在鸟取县，而后续剧情中柯南得知“那位先生”得藏身处的确与鸟取县有关。
最后，就是让人缩小的药物APTX4869，极有可能就是因为乌丸莲耶追求长生不老，创立黑衣组织研究不老不死药的半成品。乌丸莲耶对外宣布是99岁死亡，但是这个消息或许是假消息，真正的乌丸莲耶并没有死，甚至已经返老还童了。
（就是下面这位老哥）
关于黑衣组织的BOSS身份，作者青山刚昌已经确认组织首领姓氏是乌丸，但是是否就是乌丸莲耶还不一定，也有可能是他的继承人。不妨先来看看，贴吧大神的预测。
（2016。12.29）
